耕地占用税是指在土地使用权（征收使用土地）期限内，政府依照法律规定向土地使用者征收的土地占用补偿费。
早在1990年代，耕地占用税就已出现。当时被普遍认为是保护耕地的重要手段，以实现金钱与环境的平衡。此后，在耕地保护方面，国家陆续发布多项措施，不断完善耕地占用税制度。
2011年，国家依据现行法律法规，实行新版耕地占用税政策。换言之，从实行之日起，现有土地占用税及退耕还林、还草等补偿资金，按照新版税收政策执行。
新版政策相较之于旧版，更为严格。新版政策要求意识到未来稀土、石油等资源的匮乏性，从而实行环境保护更为严格的管理模式。2019年，2019年土地利用税法实施，土地利用税由耕地占用税与房地产税合并，分为城市土地使用税和农村土地使用税，其替代了耕地占用税，解决了城乡税收的矛盾。